La aduana mexicana ha tenido una gran evolución a lo largo de los años.
En 1821, la Sección de Aduanas se encontraba adscrita a la Secretaría de Estado y del Despacho de Hacienda, posteriormente por disposición presidencial se creó la Aduana de México.

En1931 se expidió el Reglamento Interior de la Dirección General de Aduanas y el Reglamento Interior de la Secretaría de Hacienda y en su artículo 3 se ubicó a la Dirección de Aduanas dentro de las Oficinas de Servicios Generales, con la función de administrar, coordinar y controlar los impuestos, derechos y aprovechamientos aduanales.

Un paso importante para México se da en 1986 cuando se incorporó al Acuerdo General sobre Aranceles Aduaneros y Comercio (GATT), y en mayo de 1988 al Consejo de Cooperación Aduanera (CCA), que tienen por objeto armonizar y facilitar el comercio internacional.

En 1989, la Dirección General de Aduanas quedó asignada a la Subsecretaría de Ingresos.

El 25 de enero de 1993 se publicó la reforma al Reglamento Interior de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, en la que se modificó el nombre de la Dirección General de Aduanas por el de Administración General de Aduanas y se estableció la jurisdicción de 45 aduanas en el país.

Es a partir del 1 de julio de 1997 que se creó el Servicio de Administración Tributaria (SAT), al cual quedó adscrita la Administración General de Aduanas.

En 2012, la Administración General de Auditoría de Comercio Exterior (AGACE) fue creada por el SAT para ocuparse de todo lo relacionado con el despacho aduanero, contando con facultades concurrentes y perfilando la salida de la AGA en ese momento con el rumor de incorporarse a Gobernación en las áreas de inteligencia.

Desde el inicio del actual gobierno se estableció la posibilidad de dar autonomía a las aduanas la Administración General de Aduanas (AGA) dejará de ser una unidad administrativa del Servicio de Administración Tributaria (SAT) y se volverá un órgano desconcentrado de la Secretaría de Hacienda, situación que con diversas polémicas con la anterior Jefa del SAT Margarita Rios Fajart actual Ministra de la SCJN no avanzo, pero se perfilaba un cambio estructural que comenzó por cambios en la Marina Mercante, mayor empoderamiento de los militares y marinos en las aduanas, que por cierto, siempre han estado, en actividades de vigilancia y como militares y marinos en retiro con el cargo administradores de aduanas.

Con la actual Jefa del SAT se Raquel Buen Rostro, la decisión de separar la Administración General de Aduanas del Servicio de Administración Tributaria avanzo.

Esta decisión fue tomada a finales de mayo en una reunión en Palacio Nacional encabezada por el presidente López Obrador y en la que participaron el secretario de Hacienda, Arturo Herrera; la jefa del SAT, Raquel Buenrostro; el administrador de Aduanas, Horacio Duarte, y el consejero Jurídico de la Presidencia, Julio Scherer. También participaron los secretarios de la Defensa y la Marina, General Luis Cresencio Sandoval y Almirante Rafael Ojeda, respectivamente.

En esta reunión se evaluó la recaudación al primer trimestre del año, los resultados de los decomisos en los puntos de ingreso al país y el proceso de incorporación de elementos de la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena) a las aduanas en la frontera norte, sin embargo, el secretario de Hacienda señaló que se debía cuidar la vocación recaudatoria de la AGA, y planteó, en cambio, que dicha administración se separara del SAT, volviéndose otro órgano desconcentrado de la Secretaría de Hacienda, mediante un decreto presidencial, con esta medida la autoridad aduanera contaría con presupuesto propio, control sobre su nómina, así como facultades de evaluación de perfiles y de presentación de denuncias penales.

En la mañanera del 13 de julio el presidente Andrés Manuel López Obrador informó haber firmado un decreto para fortalecer el sistema de aduanas con la participación de la Secretaría de Marina y la Secretaría de la Defensa, ese mismo día envió a la Comisión Permanente del Congreso una iniciativa para expedir una nueva Ley Orgánica de la Armada de México, en la que se incluyen las tareas y facultades adicionales que se le han encomendado en este gobierno en materia de control materia de puertos, seguridad y protección marítima.

En palabras del propio presidente el decreto es “para fortalecer al sistema de aduanas con la participación de tanto la Secretaría de Marina como la Secretaría de Defensa en todas las aduanas”, lo que significa “seguir limpiando aduanas para combatir el contrabando, la introducción de drogas, la corrupción, que viene de lejos, pero estamos ya actuando en eso”.