در جریان دستگیری‌های پیش از انقلاب سفید، محمد حنیف‌نژاد نیز برای مدتی به همراه سران نهضت آزادی و جبهه‌ ملی، یعنی افرادی چون مهندس مهدی بازرگان، عزت الله سحابی و... به زندان افتاد. او در زندان با بسیاری از سران این جریانات گفتگوها و بحث‌های طولانی داشت. این افراد اغلب با به پایان رسیدن امکان مبارزه‌ی مسالمت‌آمیز، همه چیز را تمام شده می‌دانستند و حتی نگران معیشت خود و آسیب دیدن زندگی فردی بودند.
یکی از مواد مهم جمع‌بندی محمد حنیف نژاد و یارانش ازمبارزات گذشته بر همین اساس، خلاء رهبران ذیصلاح بود. کسانی که بتوانند در هر شرایطی سنگر مبارزه را حفظ کنند. همچنین حرفه‌ای نبودن (تمام وقت نبودن) و نداشتن ایدئولوژی را از جمله ضعف‌های مبارزات گذشته دانستند. علاوه براین در این جمع‌بندی، بر ضرورت مبارزه مسلحانه پس از به پایان رسیدن امکان مبارزه مسالمت‌آمیز و در نتیجه بر ضرورت داشتن تشکیلات انقلابی تاکید شد.
در آن زمان تمامی سازمان‌های انقلابی که در سراسر جهان آزمایش پیروزی و پیشروی خود را نیز در انقلابات متعددی چون ویتنام، کوبا و ... پس داده بودند،‌ دارای ایدئولوژی مارکسیستی بودند. جو سیاسی ایران نیز بی‌تاثیر از این پدیده نبود. در ایران آنچه به عنوان ایدئولوژی وجود داشت، یا راست ارتجاع (تفکرات آخوندی) یا نوعی اسلام بورژوایی و رفرمیستی‌( جبهه ملی ) و یا ایدئولوژی مارکسیستی بود. با این حال محمد حنیف نژاد که خود بر ضرورت داشتن ایدئولوژی برای مبارزه آزادیبخش تاکید داشت پس از مطالعات و تحقیقات بسیاری که به همراه یارانش سعید محسن و علی اصغر بدیع زادگان انجام داد، اسلام را به عنوان ایدئولوژی خود برگزید. اما او چهره‌ی جدیدی از اسلام ارائه میداد که به کلی از آنچه پیش از آن گفته می‌شد متفاوت بود. وی برای اولین بار بانی این تئوری بود که در اسلام حقیقی، مرز بین حق و باطل، نه از میان با خدا و بی خدا بلکه از میان استثمار کننده و استثمار شونده می‌گذرد. این یک انقلاب بزرگ در تفکرات مذهبی آن زمان که بی خدایان را نجس برمی‌شمرد، محسوب می‌شد. با چنین شاخصی، یک دیندار می‌توانست در جبهه‌ باطل و یک بی‌خدا در جبهه حق باشد
همچنین محمد حنیف نژاد با تاکید بر ضرورت مبارزه مسلحانه و آمادگی برای آن اقدام به تشکیل یک تشکیلات انقلابی کرد. در آن زمان بودند کسانی که بر اساس همین ضرورت، بی‌مقدمه دست به سلاح بردند. اما محمد حنیف نژاد این عمل را ماجراجویی و تروریسم می دانست. او معتقد بود عمل مسلحانه باید دارای پایه‌های تئوریک قوی و پس از تدوین ایدئولوژی، استراتژی و تاکتیک‌ها صورت پذیرد.