El miércoles 19 de septiembre, justo a la salida de la Pastoral Social, frente a la iglesia de La Merced, un hombre se le acercó por la espalda a Yolanda y a su sobrino y empezó a dispararle a la religiosa. Quien ordenó matar a Yolanda Cerón, dentro del Bloque Libertadores del Sur, fue el entonces comandante paramilitar Guillermo Pérez Alzate, alias Pablo Sevillano, quien la acusaba de ser colaboradora de la guerrilla.
Para la Sala de Justicia y Paz del Tribunal Superior de Bogotá, la muerte de la hermana Yolanda, no tuvo otro motivo que “la lucha por la restitución de tierras a favor de las comunidades negras e indígenas del pacífico, lo que en efecto daba al lastre con actividades de cultivos ilícitos de propiedad de los terratenientes de la región, que eran amparados por la fuerza armada de las Autodefensas Unidas de Colombia”

“Yolanda Cerón: la hermana del pacífico. Una biografía ilustrada" es un libro del Centro Nacional de Memoria Histórica que surge como respuesta a una de las medidas de reparación simbólica ordenadas a la entidad en la sentencia de Justicia y Paz en contra de Guillermo Pérez Álzate y otros exintegrantes del Bloque Libertadores del Sur, fallo judicial en el cual los condenaron por el asesinato de Yolanda Cerón, entre muchos otros crímenes más.
Esta publicación es una apuesta ética por reconocer el valor de la vida de Yolanda.