پس از تأسیس سازمان مجاهدین خلق ایران و جمع‌بندی مبارزات گذشته، محمد حنیف نژاد به ضرورت تربیت کادرها و رهبران ذیصلاح رسیده و به آن همت گمارد. همچنین تدوین ایدئولوژی و استراتژی سازمان مجاهدین خلق ایران در دستور کار او قرار گرفت. وی برای تدوین آنها، گروهی تحت عنوان گروه ایدئولوژی و همچنین یک گروه ۱۶ نفره در چهار تیم برای تدوین استراتژی سازمان مجاهدین خلق ایران تشکیل داد. وی شخصا بر گروه ایدئولوژی نظارت میکرد. مسعود رجوی یک از اعضاء گروه ایدئولوژی بود که در ارتباطی نزدیک با محمد حنیف نژاد به کار مشغول شد. سازمان مجاهدین در مجموع از سال ۱۳۴۴ تا ۱۳۵۰ یعنی به مدت ۶ سال به کار تئوریک و همچنین سازمان‌دادن تشکیلات خود پرداخت. هر فرد به محض ورود به سازمان باید یک دوره آموزشی دو و نیم ساله و حتی سه ساله را برای گرفتن آموزش‌های تئوریک سازمان پشت سر می‌گذاشت. محمد حنیف نژاد براساس جمع بندی خود از مبارزات گذشته معتقد بود باید کادرهای ذیصلاحی تربیت کرد که در صورت لزوم هر یک بتوانند رهبری سازمان را برعهده بگیرند و بدین ترتیب برخلاف گذشته با اولین ضربه، جنبش متلاشی و نابود نشود. یکی دیگر از تحولاتی که دراین شش سال رخ داد، آغاز زندگی در خانه‌های جمعی از سال ۱۳۴۶ بود. به این ترتیب اعضاء سازمان شب‌ها دیگر به خانه نمی‌رفتند، بلکه در خانه‌هایی که پایگاههای مخفی سازمان بود زندگی‌ می‌کردند. این موضوع تاثیر فوق‌العاده‌ای در پیشرفت مناسبات تشکیلاتی و خودسازی انقلابی برای افراد داشت. زندگی جمعی، برنامه روزانه مشخص کاری، پیشبرد آموزش‌ها بصورت جمعی در خانه تیمی با رعایت مسائل امنیتی ( پیش از این هر کس هر جزوه را برای مطالعه به خانه خود می‌برد که به لحاظ امنیتی ریسک بالایی داشت) و بسیاری موارد دیگر، از جمله دستاوردهای آغاز زندگی جمعی در خانه‌های تیمی بود. محمد حنیف نژاد شخصا بر امور خانه‌های تیمی نظارت کرده و هر روز با بازدید از آنها آموزش های لازم را به افراد می‌داد. در این دوران سازمان مجاهدین خلق ایران توانست گسترش بیشتری پیدا کرده و در شهرهای مختلفی علاوه بر تهران به عضوگیری و تشکیل پایگاه‌های سازمانی بپردازد.