وبسایت علی خامنه‌ای، در یادداشتی مدعی شده که رهبر جمهوری اسلامی در انتخابات دخالت نمی‌کند مگر آنجا که حجت شرعی در میان باشد. در این یادداشت عنوان شده که آیت‌الله خامنه‌ای هیچ موافقت و مخالفتی را در این دوره ابراز نکرده است. از سوی دیگر اظهارات حیدر مصلحی وزیر سابق اطلاعات نشان می‌دهد شورای نگهبان در انتخابات سال ۹۲ صلاحیت اکبر هاشمی رفسنجانی را به دلیل این که ‍پیروزی‌اش در انتخابات به مصلحت نظام نیست، تایید نکرده است. به دنبال این سخنان مصلحی، اسحاق جهانگیری معاون اول حسن روحانی که خود از رد صلاحیت‌شدگان این دوره از انتخابات است، از شورای نگهبان خواسته است که فیلم جلسه احراز صلاحیت هاشمی رفسنجانی را منتشر کند. علی لاریجانی دیگر نامزد رد صلاحیت‌شده نیز از شورای نگهبان خواسته است که دلایل رد صلاحیتش را اعلام کند اما شورای نگهبان در مقابل مدعی شده که قانون اجازه انتشار دلایل را نمی‌دهد.