Durante el conflicto armado, los grupos ilegales escogieron los afluentes para borrar la evidencia de sus homicidios y atemorizar a las comunidades. Habitantes de municipios ribereños y expertos denuncian que miles de desaparecidos están en sus profundidades, a pesar de que hasta ahora, de acuerdo con el Centro Nacional de Memoria Histórica (CNMH), sólo hayan sido recuperados 1.080 cuerpos en 190 ríos del país.